Era il 1681 quando questa chiesa venne solennemente consacrata al culto di san Francesco da Paola, eremita e fondatore dell'Ordine dei frati Minimi, vissuto tra il 1416 e il 1507. Nello stesso anno si concludevano i lavori di costruzione dell'annesso convento, già iniziati durante i primi decenni del XVII secolo, epoca in cui, su volontà del barone di Gagliano, Giovanni Castriota Scanderbeg, giunsero i primi frati Minimi. Il complesso sorge lungo la "via Francigena", un fascio di percorsi che dall'Europa occidentale conducevano nel Sud Europa fino a Roma e proseguivano verso la Puglia, dove vi erano i porti d'imbarco per la Terra santa, meta di pellegrini e di crociati. Nel corso del XVIII secolo, i Minimi attraversarono un periodo di prosperità economica: fu realizzata una farmacia per le esigenze non solo degli abitanti del luogo, ma anche per quelli dei paesi vicini e per i numerosi pellegrini che si recavano al santuario della Madonna di Leuca; veniva inoltre fondata una biblioteca, e la chiesa ampliata e abbellita da stucchi e opere d'arte.
Dal 1941 ad oggi il complesso è affidato alle cure dei frati dell'Ordine della Santissima Trinità e degli schiavi, il cui fondatore è san Giovanni de Matha. Nel corso dei secoli, è rimasto forte il culto per san Francesco da Paola, che ancora oggi è festeggiato la seconda domenica dopo Pasqua. In questa occasione si tiene l'antica e tradizionale fiera agricola, istituita nel 1842 con un decreto del Re Ferdinando II di Borbone come voto di ringraziamento al santo per aver riportato al trono la Casa Borbone, affidatasi alla sua intercessione. La fiera, nata col titolo di "fiera regia et agricola", era in origine destinata alla vendita di animali da allevamento e da pascolo, e di prodotti agroalimentari di produzione locale.
Simbolo della festa di San Francesco è la campanella in terracotta che ogni anno è tradizione acquistare e portare nelle proprie case. La scelta della campana è legata ad uno dei tanti miracoli compiuti in vita dal santo. Si racconta infatti che un giorno, mentre mendicava per le strade di Paola in Calabria, fu attirato dal chiasso di un gruppo di uomini gravati dal peso di una grande campana che avrebbero dovuto trasportare dal porto fino alla chiesa del paese. San Francesco, giunto sul luogo, ebbe pietà delle loro fatiche e si offrì di caricarsi da solo il peso. I presenti quasi lo deridevano, ritenendolo incapace di compiere un'impresa che richiedeva l'aiuto di molti uomini. Francesco era inoltre molto esile di corporatura, dati i lunghi digiuni della sua vita eremitica. Tuttavia, dopo aver benedetto la campana con un segno di croce, se la caricò sul dorso e tra l'incredulità dei presenti la condusse fin sopra il campanile della chiesa. La campana era divenuta leggera e i presenti gridarono al miracolo. Da qui la tradizione della campanella, che a distanza di secoli racconta ancora ai pellegrini che si recano in questo santuario il prodigioso evento.
